La historia del Reiki Tradicional empieza a mediados del siglo XIX con Mikao Usui, un decano de la universidad Doshisha de Kyoto y sacerdote cristiano a quien sus alumnos interrogaban acerca del Método de Curación mediante el cual sanaba Jesucristo a los enfermos. Usui emprendió por su cuenta una investigación que duró diez años y le permitió redescubrir y aprender esta técnica.

Cuando las jerarquías cristianas del Japón le advirtieron que no debía hablar de tal procedimiento de curación, ni mucho menos darlo a conocer, Usui desvió sus investigaciones a través del Budismo. Los monjes budistas le dijeron a Usui que el antiguo método de curación espiritual se había perdido y que no existía otra vía de aproximación sino  las enseñanzas budistas : “ el camino de la iluminación”.

Mas tarde, Mikao Usui se trasladó a EEUU,  donde residió durante 7 años. Tampoco allí, mientras estudiaba en la facultad de Teología de la Universidad de Chicago, los cristianos quisieron ser más explícitos. Se dice que llegó a doctorarse en teología, al tiempo que estudiaba historia  comparada de las religiones y de la filosofía. También aprendió  a leer el sánscrito, antiguo idioma litúrgico de la India y el Tibet. A todo esto, Usui seguía sin hallar las respuestas en cuanto al ancestral método de curación.

Mikao Usui regresó a Japón e ingresó en un monasterio Zen donde había hallado los textos que describían la fórmula terapéutica, ahora inteligible para él en su original sánscrito. Desde luego no incluía la manera de activar la energía ni como ponerla al servicio de los fines curativos.

Continuó estudiando el sánscrito y llegó a dominarlo, no sin grandes esfuerzos, tras lo cual entendió que la fórmula era sencilla como la luz del día, nada complicada. Pero había que interpretarla, porque se escribió hace 2500 años "es para mi una prueba a la que debo someterme".

La prueba consistió en tres semanas de meditación , ayuno y oraciones, en el monte Koriyama. Tras elegir el lugar para la meditación amontonó ante sí veintiun guijarros, uno por cada día, que arrojaba al término de cada jornada para no perder la cuenta del tiempo transcurrido.

La madrugada final de su prueba, en la hora más oscura antes del amanecer, Usui vio una especie de proyectil luminoso que se dirigía hacia el, y su primera reacción fue la huida, pero luego lo pensó mejor y decidió aceptar las cosas tal  como vinieran y como una respuesta a su meditación, aunque le fuese en ello la vida.

El rayo le hirió en el tercer ojo y perdió el conocimiento unos instantes. Luego vio “ millones y millones de burbujas con todos los colores del arco iris”, y finalmente los símbolos Reiki, como si los hubiesen proyectado en una pantalla. A medida que iba visualizando cada uno de los símbolos recibió la información de cómo se utilizaba cada uno de ellos para activar la energía salutífera.

Así se produjo el primer alineamiento Reiki por redescubrimiento psíquico del método ancestral.